COVID-19関連追加(20201222日)英国におけるウイルス変異

 

【英国における新しいスパイク変異を伴ったSARS-CoV-2の出現】

(1)Wise J. News Briefing. Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. Published 16 December 2020. https://doi.org/10.1136/bmj.m4857.

イングランドの保健長官Matt Hancock氏は国会でCovid-19の新しい変異体が確認されたと発言した.南東部での感染伝播を促進している可能性がある.

この新しいSARS-CoV-2変異について何がわかっているのか?:

VUI-202012/01202012月において最初の”調査中の変異体”)は,17の変化や変異によって定義されている.最も重要なものの一つは,ウイルスがヒトACE2受容体に結合するために使用するスパイク蛋白質のN501Y変異である.スパイク蛋白質のこの部分の変化は,理論的にはウイルスの感染力を高め,人と人との間で感染が広がりやすくなる可能性がある

どのように変異が検出されたのか?:

これは英国各地のCovid-19陽性サンプルのランダムな遺伝子配列決定を行っているCovid-19 Genomics UKCOG-UK)コンソーシアムによって検出された.このコンソーシアムは,英国の4つの公衆衛生機関,Welcome Sanger研究所,12の学術機関の提携で構成されている.

20204月に設立されて以来,このコンソーシアムはCovid-19に感染した人から14万人分のウイルスゲノムのシークエンシングを行ってきた.このデータを用いてアウトブレイクの追跡,変異型ウイルスの同定,週報の発行を行っているhttps://www.cogconsortium.uk/data/.

それはどのくらい一般的なのか?:

本当の数はもっと多いだろうが,1213日時点で,英国において60近くの自治体で1108例が確認されている.これらの症例は主にイングランド南東部で確認されているが,最近ではウェールズやスコットランドなどの地域でも報告されている.

バーミンガム大学の微生物ゲノム・バイオ情報学のNick Loman教授は1215日,サイエンス・メディア・センターのブリーフィングで,”この変異体は9月下旬に初めて発見され,現在ではノーフォーク州で20%,エセックス州で10%,サフォーク州で3%を占めている”と述べた."海外から輸入されたことを示唆するデータはないので,英国で進化している可能性が高い "と彼は言った.

この変異体はより速く拡散されるか?:

Matt Hancock氏は1214日に下院に,”初期分析では,新しい変異が,イングランド南東部における最近の症例の増加と「関連がある」可能性がある”と述べた.しかし,これは,変異体が増加を引き起こしていると言っているのと同義ではない.

Loman教授は,”この変異体は,Covid-19の増加率がみられる地域と強く関連しているが,因果関係があるとは言えない”,”しかし,この変異体は顕著な増加が認められるため,我々は心配しており,早急な追跡調査と探求が必要である”と述べた.

変異は予想できたのか?:

SARS-CoV-2RNAウイルスであり,ウイルスの複製に伴って自然に変異が生じる.すでに何千もの変異が発生しているが,重要な変異でありウイルスを大きく変化させる可能性があるのはごく少数であるCOG-UKによると,スパイク蛋白質には現在約4000の変異があるという

COG-UKのディレクターであるSharon Peacock氏は,サイエンス・メディア・センターのブリーフィングにおいて”変異は予想されるものであり,進化の自然な一部である”,”すでに何千もの変異が発生しており,大部分はウイルスに影響を与えないが,アウトブレイクを監視するためのバーコードとして有用である",と述べた.

新しい変異はより危険か?:

我々はまだわからないウイルスをより感染力のあるものにする変異は,必ずしもウイルスをより危険なものにするわけではない.英国ではすでに多くの亜種が検出されている.例えば,D614G変異は,ウイルスの感染能力を高めたと考えられており,現在,英国で流通している最も一般的な型であるが,より重症化することはないようだ.

イングランド公衆衛生局(Public Health England)のポートン・ダウンの研究室では,現在新しい変異体が病気の重症度に関する証拠を見つけるための研究を行っている.NHS検査・追跡・イングランド公衆衛生の共同医療アドバイザーであるSusan Hopkins氏は,”広い地域で,特にこの変異体が検出される症例が増加しているが,この変異体がより重症化するという証拠は現在のところない ",と述べている.

ワクチンは効くのか?:

新しい変異体は,3つの主要なワクチンが標的としているスパイク蛋白質に変異を持っている.しかし,ワクチンはスパイク蛋白質の多くの領域に対する抗体を産生するので,単一の変化によってワクチンの効果が低下することは考えにくい

時間経過とともに,より多くの変異が発生すると,ワクチンの変更が必要になることがある.これは季節性インフルエンザの場合に起こるが,毎年,変異が起こるためワクチンはそれに応じて調整されるSARS-CoV-2ウイルスはインフルエンザウイルスのように迅速に変異することはなく,これまでのところ臨床試験で有効性が証明されているワクチンは,必要に応じて簡単に微調整できるタイプのものである

Peacock氏は,”この変異体では,ワクチン接種やヒトの免疫反応を回避する証拠はない”,”しかし,ワクチンの失敗や再感染の例がある場合は,その症例は遺伝子シークエンシングの優先度が高いものとして扱われるべきである”,と述べた.

 

 

(2)Rambaut A, et al. on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK). Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations. Andrew Rambaut ARTIC Network.

https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563.

Summary

最近,COG-UKのサーベイランスデータセットの中で明確な系統群(系統B.1.1.7と命名)が検出された.このクラスターは過去4週間で急速に増加しており,その後,英国の他の地域でも観察されており,さらなる広がりを示している

このクラスターのいくつかの側面は,疫学的および生物学的な理由から注目すべきものであり,以下に暫定的な知見を報告する.

イングランドの一部では,B.1.1.7系統による症例が増加している.

B.1.1.7は,特にスパイク蛋白質に尋常ではない多くのゲノム変異を有している

これらの変異のうち3つは潜在的な生物学的影響を有していた:

変異N501Yは,受容体結合ドメイン(RBD)内の6つの重要な接触残基のうちの1つであり,ヒトおよびマウスACE2との結合親和性を高めることが確認されている.

スパイク欠失69-70delは,ヒト免疫応答に対する回避が報告されているが,他のRBDの変化に関連して何回も発生している.

変異P681Hは,生物学的に重要な位置として知られているフリン開裂部位にすぐに隣接している.

英国で急速に成長している系統が,受容体結合ドメインやフリン開裂部位に関連した予想外の数の遺伝子変化を伴っていることを報告する(i)実験的に予測されたこれらの変異のいくつかの表現型への影響,(ii)組み合わせて存在する場合の未知の影響,(iii)英国におけるB.1.1.7の高い増殖率を考えると,この新しい系統に関して,緊急の研究調査と世界的なゲノムサーベイランスの強化が必要である.

Main

Background:

B.1.1.7系統に属する2つの最も初期にサンプリングされたゲノムは,2020920日にケント州で採取され,もう1つは2020921日にグレーターロンドンから採取された.B.1.1.7の感染は,202012月上旬まで英国で検出され続けている.B.1.1.7系統に属するゲノムは,変異を定義する多数の系統によって十分に支持される単系統のcladeを形成している(Figure 1).1215日時点で,B.1.1.7系統のゲノムは1623ある.このうち,グレーターロンドンで519,ケント州で555,スコットランドとウェールズを含む英国の他の地域で545,その他のカントリーで4のゲノムが採取された.

 

 

Figure 1: Phylogenetic tree of the B.1.1.7 lineage and its nearest outgroup sequences, for samples collected up until 30-Nov-2020.

Kent_N501Y_836.ml_annotated_collapsed_tree_v3

面積がゲノム数に比例する円に同じ地域からの先端(tips)を表している.B.1.1.7系統の中には3つの大きなsubcladesが存在し,それぞれが1つのヌクレオチドの変化によって定義されている.これらのcladesのうちの1つは,ORF8におけるさらなる停止コドンによって定義されている.

 

Lineage-defining mutations & rate of evolution:

B.1.1.7系統は,通常よりも多くのウイルスゲノム変化を運んでいる検出に先行した14の系統特異的アミノ酸置換の発生は,COVID-19パンデミックのグローバルなウイルスゲノムデータにおいて,今日まで前例がないSARS-CoV-2のグローバルな系統樹の枝のほとんどは,わずかな変異しか示さず,変異は時間経過とともに比較的一貫した割合で蓄積されている.推定では、循環しているSARS-CoV-2系統におけるヌクレオチド変異は,1ヶ月あたり約1-2個の割合で蓄積されることが示唆されている(Duchene et al. 2020).

これらの観察結果の暫定的な分析をFigure 2に示す.これは,系統B.1.1.7および関連する外群(outgroup)ゲノムの選択について,ゲノムをサンプリングした日時に対する根から先端(root-to-tip)までの遺伝的距離の回帰を示している.B.1.1.7系統内の分子進化速度は,他の関連系統のものと同様である.しかし,B.1.1.7系統はパンデミックの系統根からより発散しており,これはB.1.1.7の直近の先祖の系統枝における分子進化率が高いことを示唆しているさらに,この枝の推定されるヌクレオチド変化はアミノ酸変化が優位であった(14個の非同義変異および3個の欠失).この枝には6個の同義変異がある.緩和された選択制約(selective constraint)による固定率(fixation rates)の上昇の役割は現在のところ否定できないが,これは適応した分子進化過程を示唆している

 

 

Figure 2: Regression of root-to-tip genetic distances against sampling dates, for sequences belonging to lineage B.1.1.7 (blue) and those in its immediate outgroup in the global phylogenetic tree (brown).

回帰直線は,2つのセットに対して独立してフィットしている.回帰勾配は,配列進化の速度の推定値である.これらの率は,B.1.1.7および外群データセットについて,それぞれ5.6E-4および5.3E-4 nucleotide changes/site/yearである.

B.1.1.7.ml.tree.tempest.v2

 

What evolutionary processes or selective pressures might have given rise to lineage B.1.1.7:

短期間にわたる高い変異蓄積率が,慢性SARS-CoV-2感染を伴う免疫不全または免疫抑制患者の研究において以前に報告されている(Choi et al. 2020; Avanzato et al. 2020; Kemp et al. 2020.これらの感染は,検出可能なSARS-CoV-2 RNA2-4ヶ月またはそれ以上の期間にわたって示している(一部の免疫不全患者における長期感染の報告もあるが).患者は回復期血漿(時には2回以上)で治療され,通常レムデシビルでも治療されている.これらの感染のウイルスゲノム解析では,異常に多くのヌクレオチド変化や欠失変異が見られ,しばしば非同義と同義の変化の比率が高いことが明らかになっている.患者のウイルス量が高い場合には,しばしば回復期血漿が投与され,Kempら(2020)は,回復期血漿投与後に患者内のウイルス遺伝的多様性が増加したことを報告している.

このような状況下では,患者内ウイルス集団の進化ダイナミクスおよび患者内ウイルス集団に対する選択圧(selective pressures)は,典型的な感染で経験されるものとは大きく異なると予想される; @免疫不全/抑制された患者における自然免疫反応からの選択は弱いか,あるいは存在しない.A抗体療法による選択は,抗体濃度が高いために強くなる可能性がある.B何週間も慢性感染した後に抗体療法を行った場合,抗体を媒介とした選択圧がかかった時点でウイルス集団が異常に大きく遺伝的に多様である可能性があり,それは直接選択(direct selection)や遺伝的ヒッチハイク(genetic hitchhiking)によって複数のウイルスの遺伝的変化が迅速に固定化されるのに適した環境を作り出していると考えられる.

これらのことから,B.1.1.7系統の異常な遺伝的分岐は,少なくとも部分的には,慢性的に感染した個体のウイルス進化に起因しているのではないかという仮説が立てられた.このような感染は稀であり,そこからの感染伝播はおそらくさらに稀であると思われるが,現在も多くの新規感染が続いていることを考えると,その可能性は決して低くはない.

ここで我々は,慢性感染がB.1.1.7型の起源に役割を果たしたと推測するが,これはまだ仮説であり,この出来事の正確な性質を推測することはできない.

Potential biological significance of mutations:

Table 1は,B.1.1.7系統特異的な非同義変異および欠失の詳細を示す.多くがウイルスのスパイク蛋白質で起こることに注意が必要である.これらは受容体結合ドメイン(RBD: receptor binding domain)における重要な接触残基の一つであるスパイク部位501,および実験データがACE2受容体親和性を増加させ得ることを示唆している(Starr et al. 2020N501Y変異,そしてスパイクにおけるS1S2の間にフリン開裂部位を形成する挿入を構成する4つの残基のうちの一つであるP681Hを含んでいる.SARS-CoV-2S1/S2フリン開裂部位は,密接に関連するコロナウイルスには見られず,動物モデルにおいて呼吸器上皮細胞への侵入および伝播を促進することが示されている(Hoffmann, Kleine-Weber, and Pöhlmann 2020; Peacock et al. 2020; Zhu et al. 2020N501Yは,マウスモデルにおいて感染性および病原性の増加と関連しているGu et al. 2020N501YおよびP681Hは独立して観察されているが、我々の知る限りでは,これまでに組み合わさって観察されていない.

また,スパイクにおける部位69-70における2つのアミノ酸欠失も存在するこの変異はスパイクのN末端ドメインにおいて観察される多数の繰り返して起こる欠失(recurrent deletions)の1つであり(McCarthy et al. 2020; Kemp et al. 2020),いくつかのRBD変異にリンクした複数の系統においてみられている.例えば,Y453F RBD変異を背景にしたデンマークでのミンク関連アウトブレイクヒトではN439K RBD変異と関連して生じ,全世界のゲノムデータ(〜3000配列)では比較的高い頻度を占めている.

Table 1: Non-synonymous mutations and deletions inferred to occur on the branch leading to lineage B.1.1.7 lineage.

 

スパイク以外では,ORF8 Q27stop変異ORF8タンパク質を切断するか,または不活性化するため,下流でのさらなる変異の発生を可能にする.パンデミック初期には,ORF8発現の喪失につながる欠失を持つ複数のウイルスが世界中で分離されたが,その中には,Orf7bの切断とORF8発現の低下の両方につながる欠失を持つシンガポールの大規模なクラスターも含まれていた.382nt欠失を有するシンガポール株は,より穏やかな臨床症状および感染後の炎症の減少と関連していたが,このクラスターはシンガポールが制御することに成功した後,3月末に消滅した(Young et al. 2020.その後の研究により,ORF8欠失は,欠失のないウイルス(欠失があるウイルスと比較してわずかな複製遅延がある)と比較しても,ヒト初代気道細胞におけるウイルス複製に非常にわずかな影響しか与えないことがわかった(Gamage et al. 2020ORF8は通常121アミノ酸の長さであるので,系統B.1.1.7で観察された27部位の停止コドンが機能の喪失をもたらす可能性が高い.

最後に,ORF1ab5つの同義変異(C913TC5986TC14676TC15279TC16176T)が6つ,M遺伝子に1つの同義変異(T26801C)がある.

 

 

当院HPにおけるSARS-CoV-2ゲノム関連ファイル:

202074日(CladeT[L]CladeU[S]について)

2020819日(382nt欠失など)

2020111日(D614Gによるフィットネス)

2020128日(ミンク関連)

 

 

 

 

 

COVID-19関連追加(20201222日)英国におけるウイルス変異

1224日追記しました

 

【南アフリカからのSARS-CoV-2変異体について】

(1)GOV.UK. New story. Confirmed cases of COVID-19 variant from South Africa identified in UK.

20201222日に英国で確認された2例は,いずれも南アフリカから渡航した人物と接触しているPublic Health EnglandPHE)のHealth Protection Teamsが両症例の追跡調査を行い,接触者追跡調査が進められている.

B1.351501Y.V2とも呼ばれる)と名付けられた新しい変異体は,10月初めに南アフリカのネルソン・マンデラ湾で初めてサンプルから検出されたMolecular datingから,8月の終わりから循環していた可能性があることが示唆されている.

南アフリカでのこの変異体の急速な広がりは,感染性の増加を示している可能性があるが,これはまだ確認されていない.PHEはこの変異体を調査しており,その結果については後日報告する予定である.現時点では,この変異体が疾患重症度,抗体反応,ワクチンの有効性に影響を与えることを示唆する証拠はない.疫学的およびウイルス学的調査は南アフリカでも進行中である.

ウイルスが突然変異を起こすことは珍しくない.英国では4,000以上のSARS-CoV-2変異体が確認されており,他の多くの国でも変異体が観察されている.

PHE & Test and TraceCOVID-19のチーフメディカルアドバイザーであるSusan Hopkins博士は,次のように述べている.

”我々は南アフリカで発生したSARS-CoV-2の新しい変異体を調査している.ウイルスはしばしば進化するが,これは珍しいことではない.我々は,この変異体が引き起こす可能性のある潜在的なリスクを理解するために,優先的に調査を行っている.重要なのは,この変異体がより重篤な疾患を引き起こし,規定のワクチンではこの変異体を防ぐことができないという証拠は現在のところないということである.

感染を防ぐ最善の方法は,手を洗う,フェイスカバー,ソーシャルディスタンスといったルールを守ることである”.

運輸省は,南アフリカから入国するすべての人に対して新たな制限を発表した.

 

 

(2)HAAS, MW. SCIENCE. Why new coronavirus variants 'suddenly arose' in the U.K. and South Africa. Dec 23, 2020. National Geographics.

一部の研究者は,慢性的なケースではウイルスが長期間にわたって複製され,特定の新しい治療法がウイルスの突然変異を促すのではないかと疑っている

12月初旬,イギリスのケント州でCOVID-19症例が急増し,科学者たちはその理由を探求していた.手がかりを求めて,COVID-19 Genomics Consortium UKの一員であるNick Loman氏と彼の同僚たちは,コロナウイルスがどのように変異しているかを調べた.わずかに異なるウイルスのこの混乱状態(zoo)を見ることによって,彼らは,コミュニティを介したアウトブレイクの広がりを大まかに追跡することができた.

科学者たちは,突然変異の集団がどのようにして生じたのか,あるいはそれらがウイルスの伝播にとって長期的にどのような意味を持つのかについては,まだはっきりしていないとしている.突然変異の起源として考えられる仮説の一つは,COVID-19から回復した患者から提供された回復期血漿のような実験的な治療を受けた慢性疾患患者に関係していることである.このような長期にわたる状態では,ウイルス複製が起こる機会が多くなり,突然変異の可能性が高くなる.一方,この治療法の一貫した使用は,病原体の進化にさらなる圧力をかけることになるかもしれない.

”慢性的に感染している人の中にはウイルスにかなり大きな変化がある人もいる ”,とケンブリッジ大学のウイルス学者であるRavindra Gupta氏は言う.”中には免疫抑制状態にある人もいる.その中には,回復期血漿を持っている人もいる.そのうちの何人かは,抗ウイルス薬であるレムデシビルを投与された.”

”この疑われる起源の話が事実であることが証明された場合,治療に影響を与える可能性がある”と,セントアンドリュース大学の感染症の臨床講師であるMuge Cevik氏は言う.パンデミック初期には,患者を助けるための最善の方法が不明瞭だった.しかし,抗ウイルス薬や抗体療法のような”新しい波”の薬がウイルス変異に寄与した場合,それは ,”我々はこれらの治療オプションを慎重に検討する必要があることをすべての医療コミュニティのために注意喚起する”,そう述べた.

多くの変異:

突然変異は遺伝子コードを編集するが,それらは常に病原体や生物の外向きの変化につながるわけではない.それが,これらの新しい発見された変異体が非常に多くの懸念を集めている理由である.まるで,ウイルスが着替え室に入ってきて,新しい服を着て出てきたかのように.帽子を変えるだけの通常の状況ではなく.

英国の変異体の23個の突然変異のうち,17個はウイルスタンパク質を構成するbuilding blocksを変更するゲノム上の位置にあると,最近のCOVID-19 Genomics Consortiumの報告書に記載されている.Consortiumは,このような大きな変化は,COVID-19パンデミックでは今のところ”前例がない”と述べている.これらの変化のうち8つは,SARS-CoV-2が細胞内に侵入するための鍵となるスパイク蛋白質をコードする領域に存在している.

この一連の突然変異が疾患の重症度に影響を与えるという直接的な証拠はないが,モデル化や実験における先行研究では,この突然変異がウイルスの感染力を高める可能性があることが示唆されている症例の増加は,より多くの入院と死亡を意味する可能性がある

例えば,最近のプレプリントによる実験では,観察された1つの欠失は,スパイクの2つの構成要素(H69V70と呼ばれる)を排除し,ウイルスの感染力を2倍にする可能性があることが示唆されている他の研究では,別の変異N501Yがスパイク蛋白質の結合能力を増大させることが示唆されているこの1つはまた,10月に最初に検出された南アフリカの変異体(501Y.V2)で独立して生じたしかし,これらの変化がヒトへの感染の違いにつながるかどうか,またどのように変化するかを判断するには,さらなる研究が必要である.とCevik氏は言う

1218日,Cevik氏とCOVID-19 Genomics Consortiumメンバーを含む英国の新興呼吸器アウトブレイク諮問委員会は,この変異体の暫定評価を発表した.彼女らのモデルによると,この変異体が最大70%の感染伝播の拡大をもたらす可能性があると示唆しているが,この結果は不確実であるとCevik氏は警告している.感染拡大の一部はヒトの行動に起因している可能性があり,例えば,制限を緩めて集団で集まるようになったことなどが挙げられる.

”モデルは有益ではあるが,具体的ではない”,とCevik氏は言う.疫学,ウイルス学,ゲノミクス,モデリングなど様々な分野からの証拠の組み合わせから答えが得られる可能性が高いと彼女は指摘する.”すべてのものが一緒になって,私たちに物語を教えてくれるのだ”.

治療のスレッジハンマー:

B.1.1.7の物語がどこから始まるのかは,興味深い謎である多くの科学者たちは,免疫システムが低下している者ではウイルスが進化する機会が増える可能性を指摘している.このような患者は,コロナウイルスが数週間,あるいは数ヶ月間も潜んでいる慢性的な感染に罹患する傾向がある.

このような状況では,ウイルス複製やランダムな突然変異が発生する機会が増える45歳の男性免疫不全患者の報告では,5ヶ月近く感染してから死亡するまでに,”ウイルスの進化が加速した ”ことが報告されている.突然変異のほとんどは スパイクタンパク質で起こっており,英国と南アフリカで調査中である変異体に見られる変化も含まれている.

”ウイルスは少し足を伸ばすチャンスを得た”,とLoman氏は説明する.これらの突然変異を1年かけて注意深く追跡した結果,科学者たちは,ほとんどの変異は目立った作用をしないことを知っている.中には,ウイルス増殖能力に有害なものさえある.例えば,今年広く注目されていた突然変異の一つであるD614Gは,コロナウイルスの複製と感染力を増加させると同時に,病原体を中和抗体に対してより脆弱にしている.

しかし,慢性感染を有する患者に対する部分的に有効な治療法からの圧力は,ウイルスにとって有益な突然変異を促す進化の後押しの一部である可能性がある.この考えは,不完全な薬物治療を行った後に,治療に対する抵抗力を持つようになったHIV患者に似ている,Gupta氏は言う.”10年間,HIV抵抗性の研究に費やしてきた”,”ナットに対してスレッジハンマーを持てば,常にそれを打ち付けることができる”,と彼は言う.しかし,科学者たちはまだ慢性COVID-19患者のためのスレッジハンマーのような治療法を持っていない.

例えば,回復期血漿は,ドナーの免疫系によって産生される抗体の配列において自然なばらつきがあるため,投与量によって効力に大きな差がある,と彼は言う.

慢性SARS-CoV-2患者に対するこのような急速な進化を示唆するいくつかの事例研究がある.最近のプレプリント論文では,Gupta氏らは,ある患者が疾患の63日目から3回の回復期血漿治療を受けた後に,ウイルスの突然変異が起こったことを報告しているウイルスの突然変異のうちの2つは,スパイク蛋白質をコードする遺伝子で発生した似たようなことがウイルスに感染して105日後も生存していた65歳の癌患者でも起きている11月にCOVID-19 Genomics Consortiumによって発表されたプレプリントによると,南アフリカで最近発見された変異体の1つである,N439K変異は,ウイルスがモノクローナル抗体薬を回避することを可能にしている可能性があるという

病原体の進化をリアルタイムで追跡する世界的なリポジトリ(貯蔵庫)であるNextstrainの共同開発者であるEmma Hodcroft氏によれば,インフルエンザ患者においても同様の急速なウイルス進化が起こっているという.しかし,彼女は,他にもこれらの変異の起源がある可能性があると警告している.”生物学の世界では,何かをするための方法が一つだけということはほとんどない”,と彼女は言う.

例えば,2017年に発表された消化管に感染するノロウイルスの数理モデルでは,免疫不全の個体は稀なので,広く拡散する変異体を生成することはできないと予測されている.あるいは,制御されていない拡散によって,この疾患の短い罹患によって,一般の人にウイルスが突然変異を起こす十分なチャンスが与えられるかもしれない,と,この研究の著者であるニューサウスウェールズ大学シドニー校の数学・計算生物学者のMark Tanaka氏は言う.ファイザー社とモデルナ社は,それぞれのワクチンで生成された抗体から変異体が逃れることができるかどうかを確認しているが,これらのワクチンを開発した科学者たちは,このようなシナリオはあり得ないと考えている.

Hodcroft氏は,英国の変異体の発見によって,COVID-19のサーベイランスにおけるゲノム配列決定の重要性を強調する英国の症例210万人のうち,COVID-19 Genomics Consortiumは,SARS-CoV-2のゲノムを合計で137,000例配列決定しており,これは全世界で配列決定された症例の約半分に相当する.これを,症例1800万例のうち約51,000例しか配列決定されていない米国とは対照的である.

デンマーク,オランダ,イタリア,ベルギー,香港,オーストラリアにB.1.1.7が徐々に流入し始め,英国の科学者がこれほど迅速に行動し,他の研究者に警告することができたのは,このような強化されたゲノム検査があったからであり,南アフリカに関連した2つの症例を発見したばかりである

”今すぐにでも,これらの人々が誰であるかを特定し,検査を受け,検疫することができれば,実際に感染を食い止めることができるかもしれない”,とHodcroft氏は言い,無駄な時間はないと付け加えている.”100人なら対処できるかもしれない,何千人もいたらもっと難しいだろう”.

 

★当院HP参照

20201110日ファイル(免疫不全患者の宿主内におけるウイルス進化)

 

 

 

 

 

COVID-19関連追加(1222日)英国におけるウイルス変異に1226日追記しました

 

【変異株VOC 202012/01について】

変異株は,最初はVUIVariant Under Investigation)と呼ばれたが,いまはVOCVariant of Concernと呼ばれる.

(1)Golubchik T, et al. Early analysis of a potential link between viral load and the N501Y mutation in the SARS-CoV-2 spike protein. Preprint.

The link above is for the updated version of this report sent to NERVTAG on 22nd December 2020. For the original version of this report sent on the 17th December 2020.

本報告書は,SARS-COV-2の新しい変異株(VUI-202012/01の緊急調査の一環としてNERVTAGに提出された更新報告書である.オリジナルの報告書は,20201217日に提出された.これはまだ暫定的な報告であり,完全な科学的研究ではない.

Summary

SARS-CoV-2の新しい変異株が出現し,主にイングランド南東部で頻度が増加している(系統B.1.1.7; VUI-202012/01

1つの仮説として,この新しい変異株に感染するとウイルス量が高くなり,その結果、ウイルスがより感染しやすくなる可能性があると考えられる.

我々は,新しい変異株に感染した個体のサンプルにおいて,より高い(配列由来の)ウイルス量を確認した推定されたウイルス量の中央値は,新しい変異株を持つ個体で3倍であったFigure 1

・新しい変異株の多くはケント州とグレーターロンドンで採取された.ケント州における新しい変異株と他の循環系統は,グレーターロンドンに比べて高いウイルス量が観察された.

・グレーターロンドン以外の地域では,この変異株はより高いウイルス量を示した.グレーターロンドン内では,新しい変異株は他の循環系統と比較して有意に高いウイルス量はなかった.

グレーターロンドン以外の地域における高いウイルス量を持つ変異株は,他の系統と比較して変異株の増殖率(growth rate)が速いこと,あるいは特定の年齢層に集中していることのような,”人口統計学的な影響”が原因である可能性がある

・新しい変異株への感染とより高いウイルス量との間の因果関係を除外しない.

・これは暫定的な分析であり,この新しい変異株への感染とより高いウイルス量との間に因果関係の可能性があるかどうか,それが感染の伝播性や重症度の上昇につながるかどうか,あるいは有症状感染と無症状感染の割合に影響を与えるかどうかを調査するためには,さらなる研究が必要である.

 

 

Figure 1: Higher numbers of mapped reads in samples with the Y501 variant.

Y501変異株はより多くのmapped read数を有していたΔH69V70欠失は,N501Y変異の存在下でのみより多くのmapped read数を有していた

 

(2)Davies NG, et al. Estimated transmissibility and severity of novel SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 in England. Preprint.

Centre for Mathematical Modelling of Infectious Diseases, London School of Hygiene and Tropical Medicine, Keppel St, London, WC1E 7HT, United Kingdom.

Summary

新規のSARS-CoV-2変異株(VOC 2020/1201)は,202011月にイングランド南東部で出現し,定着に向けて急速に広がっている.我々は,観察された COVID-19入院数,病院および ICU病床占有率,死亡数,SARS-CoV-2 PCR有病率と血清有病率,および最も影響の大きいNHSイングランド3地域(南東イングランド,東イングランド,ロンドン)におけるVOC 2020/1201の相対的な頻度に関して,2つのSARS-CoV-2感染伝播数理モデルを適合させた.我々は,VOC 2020/1201は既存のSARS-CoV-2変異株よりも56%3地域における95%CI, 50-74%)高く感染伝播することができると推定した我々は,VOC 20201201が既存の変異株よりも疾患重症度が高いか低いかを示す明確な証拠を見つけることができなかった.それにもかかわらず,伝播性の上昇は発生率の大幅な増加につながる可能性が高く,1219日以前に実施された地域の段階的な制限が維持されたとしても,COVID-19による入院と死亡は,2021年には2020年に観察されたレベルよりも高いレベルに達すると予測されている.我々の推定では,202011月にイングランドで実施された全国的なロックダウンと同様の厳格な制御措置は,小学校(primary schools),中学校(secondary schools),そして大学も閉鎖されない限り,実効再生産数Rt< 1に減少させる可能性は低いことを示唆している.抑制策の緩和後には,ウイルス再感染拡大が多く発生する可能性が高いと予測している.疾病負担の抑制に大きな効果を上げるためには,ワクチンの展開を大幅に加速させる必要があるかもしれない.